Pada hari Sabtu, 24 Mei 2014 di SMK Muhammadiyah 3 berlangsung pelantikan WKS 2, WKS 3, WKS 4, WKS 5, dan Bendahara oleh Majelis Dikdasmen PWM Daerah Istimewa Yogyakarta. Pelantikan ini menggantikan Wakil Kepala Sekolah yang lalu dimana masa tugasnya telah berakhir.
Adapun daftar pergantian jabatan adalah sebagai berikut :
| No | Posisi | Pengampu Sebelumnya | Pengampu Sekarang | Ket |
| 1 | WKS 2 | Yuni Raharjanti, S.Pd | Kustejo, S.Pd | |
| 2 | WKS 3 | Muhaimin, S.Ag | Moch. Harpan Nursitadhi, M.Eng | |
| 3 | WKS 4 | Wagiman Ibnu Arifin, M.T | Irwan Hermawan, S.T | |
| 4 | WKS 5 | Heri Prihandono, S.Pd | Rosidul Anwar, M.Ag | |
| 5 | Bendahara | Siti Saroh M. BA | Rubiyanti, AM.d |
Selamat.. Semoga Amanah
