Menindaklajuti surat edaran Dinas Pendidikan Pemuda dan Olahraga DIY tentang Pembelajaran Jarak Jauh/di Rumah bagi Anak Sekolah dalam Rangka Pencegahan Covid19 serta Majelis Pendidikan Dasar dan Menengah Pimpinan Wilayah Muhammadiyah DIY tentang Panduan Pembelajaran, penggunaan E-learning SMK Muhammadiyah 3 Yogyakarta adalah sarana untuk mempermudah komunikasi antara guru dengan siswa selama pembelajaran online saat ini. Materi pelajaran yang belum tersampaikan serta soal evaluasi diupload secara periodik menyesuaikan dengan jadwal pelajaran yang ada. Untuk memantau pelaksanaan pembelajaran selama Work From Home dan Learn From Home tersebut, guru mata pelajaran, wali kelas serta tim IT melakukan koordinasi setiap saat.
