SMK Muhammadiyah 3 Yogyakarta pada penyelenggaraan Ujian Nasional tahun ajaran 2014/2015 ini terpilih sebagai sekolah perintis yang menyelenggarakan Ujian Nasional dengan Computer Based Test (CBT). Hal ini semakin menguatkan bahwa Fasilitas komputer yang ada di SMK Muhammadiyah 3 Yogyakarta sangat memadai untuk digunakan dalam proses pembelajaran.
Adapun proses terpilihnya SMK Muhammadiyah 3 Yogyakarta menjadi sekolah perintis UNCBT terhitung sangat panjang. Prosesnya dimulai dengan Verifikasi persiapan baik Sumber Daya Manusia maupun Peralatan yang dilakukan oleh Dinas Pendidikan Kota Yogyakarta. Setelah melewati tahapan verifikasi pertama, dilanjutkan dengan verifikasi kedua yang dilakukan oleh team gabungan antara Puspendik, Pustekkom, dan Direktorat PSMK dari Kementrian Pendidikan dan Kebudayaan Pusat. Alhamdulillah SMK Muhammadiyah 3 Yogyakarta lolos semua proses dan prosedur untuk melakukan UNCBT dapat dilakukan dengan baik.
