Berdasarkan Keputusan Direktur Pembinaan Sekolah Menengah Kejuruan Direktorat Jenderal Manajemen Pendidikan Dasar dan Menengah Departemen Pendidikan Nasional Nomor: 3425b/C5.3/Kep/KU/2007 tertanggal 23 Juli 2007, SMK Muhammadiyah 3 Yogyakarta ditetapkan sebagai Rintisan Sekolah Bertaraf Internasional (RSBI). Keberhasilan meraih kualifikasi RSBI ini adalah sebuah prestasi besar bagi SMK Muhammadiyah 3 Yogyakarta. 

Prestasi besar meraih kualifikasi RSBI tersebut pada hakekatnya adalah hasil dari kerja keras dan ketekunan seluruh jajaran keluarga besar SMK Muhammadiyah 3 Yogyakarta yang memang sudah bertekad untuk mengembangkan SMK Muhammadiyah 3 Yogyakarta menjadi SMK yang memenuhi kualifikasi RSBI. Tekad untuk menjadikan SMK Muhammadiyah 3 Yogyakarta sebagai SMK yang memenuhi kualifikasi RSBI bermula pada tahun 2004, ketika SMK Muhammadiyah 3 Yogyakarta diakui dan ditetapkan sebagai SMK Berstandar Nasional untuk Program Keahlian Teknik Mesin Perkakas.

Dengan bertitik tolak dari prestasi diatas, maka dalam mewujudkan dan  meningkatkan peran fungsi, tujuan pengembangan SMK dalam menyiapkan tenaga terampil yang memiliki kompetensi dan daya saing untuk menghadapi tantangan era globalisasi, yaitu dengan menerapkan Sistem Manajemen Mutu  (SMM) ISO 9001 : 2008 dalam penyelenggaraan manajemen sekolah.